Durante 1968 y 1969, un grupo de espeleólogos de Pozohondo realizaron trabajos de investigación en diferentes puntos del término municipal y de otros vecinos, fijando su atención por último en los alrededores del Cementerio nuevo, en donde los labradores habían encontrado algún que otro objeto de cerámica, pero a lo que no habían dado ninguna importancia.
Los primeros resquicios de historia de Pozohondo se encuentran en los yacimientos íberos y romanos en el paraje Las Peñicas, donde han aparecido partes de cerámica y un fragmento de escultura íbera. Más concretamente la talla tosca en piedra que representa una cabeza femenina, donada al Museo Arqueológico Provincial de Albacete.
Los naturales de la localidad plantaron cara a los franceses en la Guerra de la Independencia, ganándoles los cañones y banderas que hoy figuran en su escudo heráldico.
Hasta el año 1.537 el municipio era aldea de la Ciudad de Alcaraz, a partir de entonces pasó a ser dependiente de Peñas de San Pedro, junto con Alcadozo, Pozuelo y San Pedro. Hacia la mitad del siglo XIX Pozohondo se convierte en un municipio independiente con ayuntamiento propio.